Desde el año 2016, APAFA está certificada en su nivel avanzado por la Agencia de Calidad Sanitaria de la Junta de Andalucía.

Tras la última visita de seguimiento e inspección realizada por la Agencia el pasado día 8 de febrero de 2024, la Asociación ha vuelto a cumplir todos los estándares necesarios para mantener esta exigente certificación, manteniendo el nivel avanzado con todos sus servicios residenciales.